Stephan Marquardt

Über mich

Als Biophysiker kombiniere ich die Laborarbeit mit computergenerierter Big Data. Ich interessiere mich für Interaktionen von Transkriptionsfaktoren, da sie über Genregulationsnetzwerke das zelluläre Transkriptom und damit das Schicksal einer Zelle bestimmen können. Die Deregulierung dieser streng kontrollierten Transkriptionsnetzwerke ist die Basis für viele Krankheiten. Im Speziellen untersuche ich die Rolle des Transkriptionsfaktors E2F1 bei der Regulierung der Invasivität der Zelle, welche diese durch die Transaktivierung bestimmter Gene, die mit dem Epithel-Mesenchym-Übergang (EMT) zusammenhängen, bewerkstelligt. Dies geschieht in Verbindung mit anderen Transkriptionsfaktoren und Co-Faktoren, die vom zellulären molekularen Kontext abhängen. Die hochregulierten Zielgene, ob kodierend oder nicht kodierend, wie miRNA- oder lncRNA-Gene, werden in experimentellen Verfahren auf ihre mechanistische Funktion hin charakterisiert. Zuvor müssen sie jedoch durch Big Data identifiziert werden, z.B. in CCLE-Zelllinien- oder TCGA-Patientendaten, Computeranalysen bezüglich differentieller Expression und Korrelation mit Krankheiten und bestimmten Signalwegen mittels GO- oder GSEA-Analyse. Darüber hinaus wird der Einfluss von E2F1 auf die Immunregulation untersucht, da viele E2F1-exprimierende Tumore das Immunsystem umgehen können. Es scheint auch, dass E2F1 direkt in Immunzellen wirkt, um deren Reaktion zu unterdrücken.